Q.同じ坪数の2階建てよりは基礎や屋根にかかる経費が増えると考えればよいでしょうか。

A.確かに、同じ面積の建物で考える場合二階建てよりは費用のかかる基礎や屋根の面積が増えるため割高になる可能性があります。
しかし、これは同じ面積の建物で考えた場合の単価であって建物面積を抑えることやシンプルにする事で費用は抑えられると思います。